导读 基因捕获效率提升50%~200%，破解FFPE样本“沉默黑匣

2025年9月9日，“2025年华大集团全球新品发布会”在深圳?华大时空中心举行，时空转录组FFPE V1.1产品方案在本次大会发布。这是继2024年6月首版方案发布后，华大时空在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本领域取得的又一次重大突破。

       

该升级方案通过基因捕获效率提升、组织内外信号扩散优化、数据利用率增强及多样本混测兼容性四大核心创新，解决了长期困扰FFPE样本研究的RNA降解、空间信息失真等瓶颈问题，为肿瘤病理研究、感染性疾病机制研究及神经科学探索提供了更强大的工具支持。

值得一提的是，基于FFPE样本的时空组学技术方法文章已于8月28日在Cell见刊。

       

一、技术革新：四大核心亮点重塑FFPE样本研究范式       FFPE样本因保存便捷、组织形态完整，广泛应用于临床病理诊断与回顾性研究。然而，传统技术受限于RNA降解、探针捕获效率等问题，难以实现高分辨率时空组学分析。 此前发布的首版FFPE产品方案，突破性地解决了FFPE样本中全转录组的原位捕获难题，实现了空间单细胞分析、检测编码和非编码RNA、实现微生物与宿主共检测、同张切片进行HE染色或核染色、无物种限制等。此次升级的时空转录组 FFPE V1.1产品方案，在保持以上功能的基础上，实现了性能的显著提升。 1、基因捕获效率提升50%~200%：破解FFPE样本“沉默黑匣” 传统技术对FFPE样本的RNA捕获效率较低，时空转录组FFPE V1.1通过优化探针设计及生化反应效率等方法，在保持编码&非编码RNA捕获，微生物捕获等性能的基础上，基因捕获效率相比上一版本提升50%-200%。 2、组织内外信号扩散优化：空间定位精度达纳米级 针对FFPE样本中RNA扩散导致的空间定位失真问题，时空转录组FFPE V1.1通过芯片探针和实验流程的优化，实现了高精度的空间定位。
        3、数据利用率提升100%：高性价比实现全景式数据支持 时空转录组FFPE V1.1通过探针设计优化，新的测序建库流程与生信分析工具开发等方法将有效数据利用率提升了100%，显著降低无效测序损耗（如无效CID序列、rRNA序列等），实现科研级数据的高性价比获取，为复杂疾病机制研究提供全景式数据支持。 4、多类型样本混测兼容：FF与FFPE样本“一机双测” 时空转录组FFPE V1.1首次支持新鲜冷冻(FF)样本与福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本同批次测序。通过优化建库试剂盒与建库方案，研究人员可在单张T7测序芯片上同步检测FF与FFPE来源的时空文库，极大提升了实验灵活性与测序效率，不再为“凑样”上机烦恼。
        二、应用创新：从“单样本研究”到“大队列突破”   时空转录组FFPE V1.1可稳定实现组织芯片蜡块（TMA）的高通量分析。单张芯片可集成多个样本位点，结合纳米级分辨率，可在单次实验中完成大队列样本的空间转录组分析，有望成为新药研发与回顾性大队列研究加速器。
        此外，时空转录组FFPE V1.1还支持多组织拼片。比如在乳腺腺癌研究中，可将不同穿刺位点的FFPE样本拼接至同一芯片，显著提升研究效率。
        时空转录组FFPE V1.1产品方案目前已在大部分临床常见的病理样本、小鼠组织中得到稳定的验证，且无物种限制，可应用在疾病研究、细胞图谱、生物标志物研究、宿主与微生物互作研究、非编码RNA调控研究等领域，有望实现从病理诊断到精准治疗的闭环。
        三、伙伴实测：吉因加分享应用，多类样本关键数据提升显著    本次发布会上，华大时空组学生态合作伙伴吉因加，也分享了时空转录组FFPE V1.1产品方案的应用案例。在肺癌、肝癌、淋巴结组织等已测试样本中，cDNA产量提升了约2倍，对小组织尤其是穿刺组织较为友好，此外，Valid CID提升约40%，bin50的基因数提升1倍。
        四、预订信息：即刻锁定前沿技术，抢占科研先机   为助力科研团队快速应用最新技术，华大时空组学 FFPE V1.1预订通道全面开启。即日起，您可通过以下方式进行预订： 产品采购与合作咨询：如果您有采购试剂的需求，请联系华大时空全球经销商华大智造；如果您有科研方案的需求，请联系华大时空生态合作伙伴。
        探索计划专项申请：华大时空组学联合生态合作伙伴发起的“时空组学探索计划”持续招募中，如果您对FFPE V1.1有进一步的定制化需求，欢迎咨询华大时空组学 。 此次升级标志着华大时空组学产品矩阵不断拓展和深化。未来，华大时空组学将继续开发通用且功能强大的工具，携手生态合作伙伴，共同助力广大科研工作者进行更广、更深层次的组学探索，在生长发育、生命演化、器官结构、疾病机制等研究领域取得创新突破，推动生命科学行业加速发展。

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【关于华大时空组学】 华大时空组学专注于时空组学技术Stereo-seq的创新突破和应用探索，不仅实现了全球领先的“纳米级分辨率”与“厘米级全景视场”双重优势，更持续研发出强大、稳定且用户友好的端到端产品解决方案，助力于生老病死、意识起源、万物生长、生命起源等重大科学问题的深入研究与应用转化。 目前，Stereo-seq已助力科研团队在Cell、Nature和Science等国际顶刊上发表了160+篇文章。相关成果获2022年度“中国生命科学十大进展”、“中国生物信息学十大进展”、2023年度“中国神经科学重大进展”、“中国2023年度重要医学进展”、“2024中关村论坛重大成果”、2024年度“中国生命科学十大进展”等荣誉。 此外，依托Stereo-seq，华大时空组学推出了适用于新鲜冷冻样本的时空转录组FF V1.3、适用于石蜡包埋样本的时空转录组FFPE V1.1、适用于大尺寸组织的时空转录组大尺寸芯片，以及时空蛋白转录组Stereo-CITE等产品解决方案，帮助科研人员进一步提升研究的广度与深度。 同时，华大时空组学已与国内外40余家头部生物科技公司建立合作关系，形成覆盖生命发育、疾病病理机制、脑科学及植物科学等多领域的时空组学服务生态圈。无论您是聚焦基础生命过程解析，还是临床疾病研究或农业生物育种等方向，均可便捷对接国内外合作机构，高效开展时空组学相关研究。